普通PCR检测方法:样本不经过前处理;PCR扩增后通过电泳观察目的片段的扩增情况判断阴阳性;检测灵敏性低; 本试剂盒:经过前处理提取样本微量支原体核酸;采用荧光探针qPCR技术,通过扩增曲线CT值判断阴阳性;检测灵敏性高;并设置多种控,有效避免假阴性结果;
1. G/C指基因组拷贝数(genomic copies GC)与活菌数(colony forming units CFU)的比值。基于NAT的方法可检测样本中支原体核酸的拷贝数(GC),不考虑细菌细胞的活率;而基于药典培养法只能检测活菌数(CFU)。NAT-based方法的 limit of detection (LOD)通常表达为最低数量的基因组拷贝(GC),而药典培养法的LOD则为最低活菌数(CFU); 2. 支原体样本中GC/CFU可能有很大差异,较低的GC/CFU反应了支原体较高的活率和较低的聚集程度。因此,在使用NAT方法与药典方法进行可比性研究时,应使用低GC⁄CFU的支原体标准株。开发和制备一组低CG⁄CFU比的活支原体参考株,对于评价和验证基于NAT的支原体检测方法具有重要意义。
中国药典ChP:支原体检查仅包含培养法和指示细胞法,未明确NAT方法可以替代传统方法,也未对NAT方法作出规范; 欧洲EP2.6.7及美国药典USP<77>:明确NAT方法在经过一定验证后可替代传统检查方法(培养法、指示细胞法),目前新的指导原则中,对于NAT方法验证中的标准株有新的规定,G/C比低于10;
EP 2.6.7建议使用与支原体亲缘关系较近的菌株,包括梭菌、乳酸杆菌和链球菌等革兰氏阳性菌;
原则上抽样设计与方法学检测灵敏度以及风险控制设计相关。由于需要考虑低污染水平条件下的检出,因此难以用正态分布方式来估计检出概率,泊松分布比较适合用于该情况下的污染及检出概率估计。抽样设计上需要结合批生产量,取样体积,抽样数量,和方法学检测限来综合估计检出概率,基于风险水平,设计抽样放行办法。
假阳性发生原因:1. 样本中存在支原体核酸或者死菌;qPCR方法可以检测到支原体核酸或者死菌,而药典培养法只能检测到活菌导致检出差异;2.前处理过程污染导致假阳性。 例如血清产品,经过了药典培养法验证为阴性,但荧光定量qPCR法测试有时会报告呈阳性,这是因为血清产品的生产工艺能有效去除微生物颗粒,包括支原体这类最小的微生物,但是对于微生物细胞破碎后的核酸残留碎片不能有效去除,因此有可能出现上述假阳性现象; 建议:1. 对于可能在样本基质中含有微生物核酸残留的样本,建议用高速离心去基质的方法检查,以规避假阳性报告。一般情况下,16000g,20min离心条件对目前已知的支原体种类可以回收99%以上的支原体,而核酸会保留在离心后的上清中;2. 对于前处理存在污染的情况,可以通过NCS样本监控前处理过程,排除假阳性结果。
1.磁珠充分混匀,使用过程注意观察磁珠状态,聚团或者是弥散均需要对样本的基质进行分析研究;聚团情况需要完全震散,尤其是洗脱步骤;弥散状态需要对样本进行稀释或者是采用16000g离心的方式完全去基质保留支原体; 2.RC的使用,必须与PC为同一批次,保证结果的一致性
1. 支原体检测样本一般是培养上清、细胞、冻液、TEbuffer等,前处理配方在该基质上面更有利,无酶水作为基质,磁珠的吸附的信号慢一些,后续试验可以适当延长磁吸时间 2.支原体试剂盒磁珠粒径较小, 磁吸时间需要稍微延长,一般需要3min左右,进一步保证回收率 3. .Wash buffer中乙醇浓度的确认,盐浓度较高会导致磁吸失败 4. 洗脱样本中乙醇的残留情况,乙醇会产生扩增抑制
由于相对扩增后的产物浓度极高,更容易造成污染和假阳性,因此通过UNG/UDG酶催化水解扩增后已经掺入尿苷酸的DNA产物,使得扩增产物无法进一步扩增,而达到防止气溶胶污染的目的。
蛋白、离子,特别是二价离子,螯合剂、乙醇、甘油、异丙醇、pH等;